提起爬行动物，很多人想到的是冷血、行动迟缓和低智商。在常人眼里，爬行动物几乎是低等的代名词，它与我们哺乳动物的差别就如教科书中的定义一样明晰。然而，大众对爬行纲的误解和鄙视其实是没有科学道理的，而且越来越多的专家意识到，爬行纲是个不科学的分类单位，主张予以废除。

加拉帕戈斯象龟

生物分类法为博物学家林奈首创，他根据生物的不同特征予以归类和分组，本意是为了方便鉴别。后来分类专家们创设了不同层级的分类单位，基本分类单位共有八个，从大到小依次是域—界—门—纲—目—科—属—种。在基本单位之前冠以“高”“总”“大”“上”，或者“亚”“下”“小”，用以表示更大或更小的单位。

现在，学术界的一致观点是，分类应反映出物种间的演化关系，体现出达尔文的共同祖先原则，这就是系统分类法。换言之，应该被划到同一分类单元是有共同祖先的生物，而不是外表相似的生物，只不过共同祖先较近的生物长相通常也相似。

根据系统分类法，每一个分类单元都在系统发生树上代表一个演化支。对某一给定单元，如果包含且仅包含某一共同祖先及其所有后代，就是单系群；如果包含某一共同祖先和它的部分后代，未包含其全部后代，就是并系群；但如果不包含最近的共同祖先，就是复系群。

图示单系群、并系群和复系群

很多学者认为一个自然的分类单元只能是单系群，拒绝一切并系群或复系群。近年来，随着分类方法的不断成熟，过去公认的很多分类正在被大幅度改动，爬行纲正是在这种形势下遭到了质疑。

众多现生和史前动物被归入爬行纲，科学家根据颞颥孔的数量和位置，将爬行纲分为几个亚纲。颞颥孔是位于颅骨侧面、眼眶后方的孔，是咀嚼肌附着的位置，也就是太阳穴。

缺弓类、双弓类和合弓类的“太阳穴”位置示意图

双孔亚纲（双弓类），颅骨每侧有上、下两个颞颥孔，包括现存所有爬行动物以及史前的恐龙、翼龙。

无孔亚纲（缺弓类），没有颞颥孔，包括最原始的爬行类——杯龙类、中龙类。龟鳖目一度被归于本亚纲，后来发现它是有颞颥孔的，只是退化了，是一种基础双弓类。

下孔亚纲（合弓类，单弓类），颅骨每侧只有一个颞颥孔，位于眶后骨下方，包括盘龙类、兽孔类等，在恐龙时代之前很繁盛，现在已经没有这样的动物了（它们去哪了呢？下文揭晓）。

鱼龙

此外还设立过一个调孔亚纲（阔弓类），每侧只有一个加大的上颞颥孔，下颞颥孔退化，包括蛇颈龙、鱼类等史前海洋爬行动物。后来发现，该亚纲是不成立的，阔弓特征只是对海生生活的适应。

根据现代系统分类法，完美的分类单元必须是单系群。爬行纲冠群，即真爬行动物，包括现存所有爬行动物的最晚共同祖先及其全部后代。现存爬行纲都属双弓亚纲，其共同祖先出现在古生代晚期，分两大演化支：主龙下纲和鳞龙下纲。

龟鳖目、鳍龙目（蛇颈龙）和鱼龙目也是双弓类的支系，但演化位置尚无定论。这里只引用2015年最新DNA分析的结果，蛇颈龙属于泛龟类，属于主龙下纲的基础类群，而鱼龙是鳞龙下纲的基础类群。

爬行纲冠群的系统发生关系

鳞龙下纲包括有鳞目（蛇和蜥蜴）、喙头蜥目，为当代最繁盛的爬行类。中生代晚期的海洋霸主——沧龙也属于鳞龙类，沧龙实际上就是海生大蜥蜴。

主龙下纲为爬行纲演化主干，现存典型的是鳄鱼。在中生代非常繁盛，恐龙和翼龙都属于该下纲。恐龙是蜥臀目和鸟臀目（鸭嘴龙、剑龙和角龙等）的合称，蜥臀目又分蜥脚亚目（梁龙、腕龙和马门溪龙等）和兽脚亚目（异特龙、霸王龙和恐爪龙等）。尤其值得注意的是，鸟类都是小型兽脚类恐龙的直系后裔，因此也属于广义的双弓类，鸟类头上也确实有两对太阳穴。

综上，爬行纲冠群是涵盖鸟纲的。“现存爬行类+鸟类”构成一个单系群，而刨除鸟类后就只是个并系群。